MEME网站怎么用（MEME教程）

qiaoqingyi 2023-01-19 648

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今天给各位分享MEME网站怎么用的知识，其中也会对MEME教程进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！

本文目录一览：

1、基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）
2、meme是什么项目
3、windows怎么应用memecached
4、如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保守结构域
5、meme是啥意思
6、b站上的meme是什么意思

基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）

系列目录：

基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（一）

基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析（二）

通过上一部分的分析得到了以下数据：

接下来利用获得的这些数据进行可视化。

1.motif分析

meme: ；方法参见 MEME 在线网站查找motif步骤

2.基因结构，同样适用TBtools

3.构树

TBtools合并以上三个分析：

参考：

01 MEME 在线网站查找motif步骤

02 [软件使用] 使用TBtools重新绘制MEME motif图 ;tid=2312highlight=MEME

03 TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

meme是什么项目

MEME 是如何开始的？MEME 从 Consensys 开发人员乔丹?莱尔 (Jordan Lyall) 的一条讽刺推文开始，他在推文中嘲笑了「食品币」的迅速出现。在推文中，他通过 Notion 制作了一张图片模型，描述了一个名为「The Degenerator」的项目构想。这个项目的网站允许人们通过拖拽的方式，在几分钟内启动一个新的 DeFi 项目。MEME（菠萝）初次问世在推文中，他给这个虚构的项目标记起了一个名字: MEME。他完全不知道，在他的推文发出几个小时后，有匿名人士真的创建了 MEME 代币。疯狂的市场使得「空气币」MEME 当天的成交量就到达了 120 万美金，最低价为 6 美金，最高价为 40 美金。MEME 经历了什么？从项目开始发布之时起，MEME 就像拥有了自己的生命一样。受到营销炒作和 MEME 文化的刺激，爱好者在 Telegram 中组织了一个 MEME 的自治社区，还将检查持仓等治理措施融入其中，社区之中也有几个人表示有兴趣将这个虚构的项目发展成为一个真正的产品。然而，尽管困难重重，这个项目在社区的推动下慢慢变成了完全不同于之前讽刺模型中的东西。不是一键发币，如今的它变成了 DeFi 和 NFT 的集合体。今天的 MEME 是什么？简而言之，MEME 如今是一个用于 farming 的 NFT 去中心化平台。farming 指的是在新的 DeFi 平台中，以 stake 的方式获得本平台的治理令牌的行为。DeFi 项目使用它来吸引和激励早期使用者。Non-fungible tokens（NFT）定义了一种生态中不可分割的、具有唯一性的代币交互和流通的接口规范。同质化代币，例如 ETH，并不是唯一的，每个 ETH 等价且无法区分开，而每个 NFT 是可验证且唯一的。NFT 由于其非同质化、不可拆分的特性，使其可以被用于一些需要确认稀缺性和数字所有权的应用中。NFT 使我们能够将任意有价值的事物通证化，并追溯该信息的所有权，这样就实现了信息与价值的交汇。NFT 概念在 CryptoKitties（加密猫）时流行开来，最近 NFT 的热度正在不断上升，而 MEME 恰到好处的抓住了这一点。交易平台 opensea 上 MEME NFT 的交易情况使用 MEME，用户不是像大多数 DeFi 项目那样为了收益而 farming，而是通过 stake 或者提供流动性挖矿的 LP 来 stake 获取菠萝积分，可以用这些积分兑换平台上提供的 NFT。平台中的 NFT 有不同的稀有程度，如「普通」，「稀有」，稀有程度决定了需要消耗多少菠萝积分。极其罕见的「Legendary（传奇）」类别只有在为 Uniswap 上的 MEME/ETH 交易对提供流动性并在 MEME 平台 stake LP 代币的情况下，才能获取。这个 farming pool 叫做 Genesis LP，而标准的叫做 Genesis。这种机制制造了人为的稀缺性，并让围绕在某些 NFT 上的炒作成为了可能。同时因为这些 NFT 是以太坊的代币，它们可以立即在二级市场上交易。例如，有一个人在 NFT 市场 OpenSea 上以 77ETH 的价格出售了他 farming 的「传奇」Sergey Nazarov 的卡片，并将其部分收益捐给了 MEME 项目的财务部门。有趣的是，所有 28,000 个的 MEME 都被空投给了早期使用者，没有新的 MEME 会被创造或挖出。这意味着 NFT 的生产手段完全掌握在 MEME 代币持有者手中。只有代币持有者才能获得新生的 MEME NFT，所有其他人都必须在二级市场上购买。MEME 协议是 DeFi 和艺术交叉的一个有趣的项目。现在还为时尚早，但 NFT 的潜力是巨大的，我们很高兴看到这个协议将如何发展。

windows怎么应用memecached

Memcached 是一个高性能的分布式内存对象缓存系统，用于动态Web应用以减轻数据库负载。它通过在内存中缓存数据和对象来减少读取数据库的次数，从而提供动态、数据库驱动网站的速度。Memcached基于一个存储键/值对的hashmap。其守护进程（daemon ）是用C写的，但是客户端可以用任何语言来编写，并通过memcached协议与守护进程通信。但是它并不提供冗余（例如，复制其hashmap条目）；当某个服务器S停止运行或崩溃了，所有存放在S上的键/值对都将丢失。

下载Windows的Server端

安装Memcache Server(也可以不安装直接启动)

1. 下载memcached的windows稳定版，解压放某个盘下面，比如在c:\memcached

2. 在CMD下输入 "c:\memcached\memcached.exe -d install" 安装.

3. 再输入："c:\memcached\memcached.exe -d start" 启动。NOTE: 以后memcached将作为windows的一个服务每次开机时自动启动。这样服务器端已经安装完毕了。

如果下载的是二进制的版本，直接运行就可以了，可以加上参数来加以设置。

常用设置：

-p num 监听的端口

-l ip_addr 连接的IP地址, 默认是本机

-d start 启动memcached服务

-d restart 重起memcached服务

-d stop|shutdown 关闭正在运行的memcached服务

-d install 安装memcached服务

-d uninstall 卸载memcached服务

-u username 以username的身份运行 (仅在以root运行的时候有效)

-m num 最大内存使用，单位MB。默认64MB

-M 内存耗尽时返回错误，而不是删除项

-c num 最大同时连接数，默认是1024

-f factor 块大小增长因子，默认是1.25

-n bytes 最小分配空间，key+value+flags默认是48

-h 显示帮助

如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保守结构域

在进化树建完后，需要对序列的结构进行分析。这里需要区分两个概念，即蛋白结构域与保守结构域，它们两个不是一回事。从上一章，通过pfam方法同学们可以获得蛋白结构域的信息（即结构域的名字，从哪儿开始到哪儿结束），而保守结构域，它指的是在你所输入的这些序列中保守的序列是哪些。至于这些保守的序列到底能不能到蛋白结构域（即可以预测有功能的结构域）的那个层次还不好说。

保守结构域通过meme网站（ MEME - Submission form (meme-suite.org) ）：

选择要检测出多少保守结构域

选择text格式：

接下来开始绘图：

需要基因id以及每个基因的长度（即输入到meme网站的那些~）：

需要格式化meme的结果同时也需要这些基因的ID, ID的获取：

格式化meme：

这些文件都是自动完成，大家只需要点点点就好：

绘图：

这样就完成了保守结构域的绘制。且每单击一次default colors, 颜色都会自动配置一次，然后再度点击draw即可完成颜色的更改。其他参数参照之前的说明。上一张图吧：

在上一章讲到的pfam的结果可用于提取蛋白结构域。建议同学们：如果你的文件里，基因名字过于复杂，就是含有额外信息，建议大家利用格式化的功能将这些额外去除掉，因为这些额外信息在后续的分析中基本不会用到但如果保留它们则会对后续的一些分析产生干扰。

这里要注意一个问题，如果所研究的家族有多个结构域，需要依次对它们的pfam结果进行格式化。格式化的结果类似于这样：

之后将该结果合并在一起（就是直接复制粘贴）以及上一步的基因ID+长度的那个文件输入作图模块中进行作图即可。

再就是启动子元件的展示。需要提取启动子序列，功能在这里：

执行此功能，同学们需要注意一个问题，就是你蛋白序列文件中的ID可能与gff3文件里的ID有出入，需要稍微调整，例如：

通过比较可以发现蛋白文件中的多了“.p” 而gff文件中的多了“.v1.ABR2.1”,因此需要进行替换（就是一定要保证蛋白文件中的ID与gff文件中mRNA那一行对应的ID是一样的），替换功能在这里：

当然，同学们如果不习惯用SPDE也可以用其他软件例如word替换，这里设置的替换功能，真正的用处是在执行多个关键词同时替换的时候，这种单个关键词的替换，完全展现不出威力~。替换完成后，如下：

这个文件将作为提取启动子的关键词。对基因组序列文件进行格式化：

提取的启动子如下：

将启动子放到plantcare（ PlantCARE, a database of plant promoters and their cis-acting regulatory elements (ugent.be) ）进行启动子序列的分析。

这里有个点儿需要注意：一个基因的启动子上有很多元件，如果将这些元件都展示在启动子上会将图整的跟食品包装袋后的条码似的，这并不利于我们展示重点想要展示的东西，因此，这里需要同学们根据自己的实验目的进行删减，例如，如果同学们想要展示的是胁迫条件下的情况，则可以将一些无关元件（如TATA等）删除，只保留重点先要展示的，这样也使得我们的研究结果一目了然。具体操作步骤与之前相同：

结果：

接下来是展示内含子和外显子的分布情况，当然还是要先处理文件，需要的是基因ID和GFF文件：

得到的文件如下：

之后画图

嗯，大致是这样子的吧

同学们在做的时候如果基因数量多，大可考虑将这些基因分成几组展示~